La obra de Zuloaga está presente en los principales museos del mundo entre los que destacan los Museés Royaux des Beaux-Arts de Bélgica, Museé de Orsay, Museo Rodin y Museé National du Chateaux de Versailles en París, el Staatliche Museen de Berlín, Hermitage de San Petersburgo, Metropolitan Museum of Art de Nueva York, así como el Museo of Fines Arts de Boston, Detroit Institute of Arts, Museo de Arte Moderno de Moscú, Museo de Bellas Artes de Budapest, los Museos Nacionales de Bellas Artes de Argentina, Chile y Cuba.

En España, el Museo Nacional Reina Sofía de Madrid, Museo Nacional de Arte de Cataluña, Museo de Bellas Artes de Bilbao, Ayuntamiento de Getaria y la Coleccion de Carmen Thyssen Bornemisza tienen importantes obras de Zuloaga. Finalmente, los museos privados de Zumaia y del castillo de Pedraza reúnen un notable conjunto de obras de diferentes etapas de su vida.